微生物肥當前是我國新型肥料中年產量最大、應用面積最廣的品種，但微生物肥料產業(yè)的發(fā)展速度和發(fā)展質量卻明顯偏差，影響產業(yè)發(fā)展的主要因素如下：
（一）行業(yè)集中度低。據統(tǒng)計，至2018年10月，我國已有微生物肥料企業(yè)2050家，產能達到3000萬噸，但以小型企業(yè)為主，行業(yè)集中度較低。
（二）
市場推廣難度大。與常見的化學肥料相比，微生物肥料養(yǎng)分含量偏低，并且吸收比較慢，短時難以見到效果，同時由于部分微生物肥料需要與化學肥料混施，增加了肥料使用成本。推廣上另一難度來源于生產企業(yè)對政策補貼或者政策采購的依賴，
市場競爭力較弱。
（三）微生物肥料的生產、使用和配套技術落后。有效活菌數(shù)是決定微生物肥料質量的關鍵指標，有效活菌數(shù)取決于產品生產工藝，而在微生物肥料的生產過程中，多數(shù)企業(yè)生產工藝標準化程度還比較低，尤其是在造粒方式和烘干中對溫度和時間的選擇等關鍵工藝上，標準還有待加強。
